Relativno davno sam se i ja igrao sa FreeBSD-om, pa ti mogu reci da on koristi malko drugaciju terminologiju sto se tice hardova u odnosu na Lin/Win. Pre svega jedna primarna particija u BSD terminologiji je slice, a ono sto se nalazi na njoj su particije. Evo uporedno kako se zovu hard diskovi pod Linux-om i BSD-em:
Linux FreeBSD
First IDE drive /dev/hda /dev/wd0
Second IDE drive /dev/hdb /dev/wd1
First SCSI drive /dev/sda /dev/sd0
Second SCSI drive /dev/sdb /dev/sd1
a particije:
Linux FreeBSD
First primary partition /dev/hda1 /dev/wd0s1
Second primary partition /dev/hda2 /dev/wd0s2
Third primary partition /dev/hda3 /dev/wd0s3
Fourth primary partition /dev/hda4 /dev/wd0s4
FreeBSD poseduje svoj filesystem, koji se zove UFS, i mislim da Linux nema podrsku za njega u kernelu, a mozes pogledati sledeci link za podrsku ufs tools-ima pod Linuxom:
http://ufs-linux.sourceforge.net/Dok za FreeBSD mislim da postoji podrska za ext2 fs, ali nisam siguran. U svakom slucaju mozes da uzmes source code i da lepo portujes driver za ext2 na BSD

Sto se tice direktorijuma, struktura je prakticno ista, kao i za sve ostale unix-like OS-ove. S' tim sto ovde po defaultu installer kreira particije za odredjene dirove: pa imamo posebnu particiju za /home, pa za /user, /bin, ... Naravno ovo se moze promeniti prema tvojim potrebama.
Sto se tice portage sistema, to ti ne bih znao reci posto nemam net

i nisam bio u stanju da ga isprobam, ali sudeci po nabrojanim portovima, to izgleda skroz pristojno.